Obiettivi formativi
Conoscenza e comprensione: Acquisizione da parte degli studenti di conoscenze sull'analisi di dati di Next-Generation Sequencing.
Capacità di applicare conoscenza e comprensione: Gli studenti acquisiranno le competenze di base necessarie per affrontare lo studio sperimentale mediante analisi bioinformatica relativa alla comprensione dell'espressione genica e dei meccanismi molecolari partendo da dati ottenuti dalla tecnologia NGS.
Prerequisiti
Conoscenza dei meccanismi regolativi della biologia molecolare eucariotica.
Basi di utilizzo di un computer relativamente all'acceso a banche dati e scaricamento di file. Prerequisito desiderabile, ma non necessario: nozioni basilari di unix o di altro linguaggio di programmazione (non necessario).
Contenuti dell'insegnamento
Nozioni generali di Next-Generation sequencing (NGS).
Scelta dell'esperimento di NGS apporpriato.
Tools per l'analisi di esperimenti NGS.
Formato dei dati NGS e conseguenti strumenti informatici per manipolazione e visualizzazione.
Analisi NGS mediante la piattaforma GalaxyProject (GUI, web browser): Quality Control (QC), allineamenti, analisi dell'allineamento, visualizzazione dell'allineamento.
Analisi di dati di esperimenti ChIP-seq, RNA-seq, metilazione del DNA e accessibilità cromatinica (ATAC-seq).
Formattazione dei dati NGS per la visualizzazione attraverso il genome browser (IGV).
Tools analitici secondari per analisi di specifiche regioni genomiche come promotori o regioni regolatrici.
Integrazione di dati NGS.
Generazione di figure (paper-ready).
Programma esteso
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Bibliografia
Articoli scientifici selezionati
Metodi didattici
II corso è composto da lezioni sui principali argomenti previsti dal programma, e da approfondimenti mirati di argomenti di particolare attualità e interesse, anche con l'ausilio di NGS dataset recentemente pubblicati
Modalità verifica apprendimento
La valutazione dei risultati di apprendimento attesi si basa su una prova prova orale e una esercitazione pratica sugli argomenti trattati.
Lo studente dovrà essere in grado di applicare una delle metodiche presentate nel corso a datasets assegnati.
Verranno accertate sia le conoscenze teoriche, sia la capacità di applicare tali conoscenze alla risoluzione di problemi di tipo sperimentale
Altre informazioni
Si richiede l'utilizzo di un computer portatile personale.
Obiettivi agenda 2030 per lo sviluppo sostenibile
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