GENOMICA APPLICATA
cod. 1008070

Anno accademico 2022/23
2° anno di corso - Primo semestre
Docente
- Roberta RUOTOLO
Settore scientifico disciplinare
Biologia applicata (BIO/13)
Field
Discipline biologiche
Tipologia attività formativa
Caratterizzante
48 ore
di attività frontali
6 crediti
sede: PARMA
insegnamento
in ITALIANO

Obiettivi formativi

CONOSCENZA E CAPACITÀ DI COMPRENSIONE
L’obiettivo principale del corso è quello di far acquisire allo studente conoscenze approfondite sulle nuove metodologie su scala genomica sviluppate e sulle loro possibili applicazioni in diversi campi della ricerca scientifica.

CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE
Al termine del corso ci si attende che lo studente sia in grado di interpretare ed intraprendere studi di tipo genomico utilizzando le diverse metodologie apprese durante il corso. Lo studente sarà anche in grado di analizzare in maniera critica “case study” tratti dalla letteratura scientifica.

AUTONOMIA DI GIUDIZIO
Alla fine del corso lo studente sarà in grado di valutare in modo critico l’affidabilità degli studi genomici presi in esame e sarà in grado di identificare in modo autonomo gli approcci più idonei e le strategie sperimentali più efficaci alla risoluzione di problematiche scientifiche complesse.

ABILITÀ COMUNICATIVE
Alla fine del corso lo studente dovrebbe essere in grado di esporre argomenti scientifici complessi utilizzando un linguaggio scientifico chiaro e appropriato.

CAPACITA' DI APPRENDIMENTO
Il corso fornisce allo studente gli strumenti metodologici necessari per studiare in un modo autonomo e collegare le informazioni apprese durante il corso con quelle apprese in altre discipline.

Prerequisiti

Conoscenze di base di genetica, biochimica and biologia molecolare.

Contenuti dell'insegnamento

Il corso fornirà informazioni approfondite sulle metodologie e le strategie per lo studio dei genomi di organismi semplici e complessi.
Nello specifico verranno trattati i seguenti argomenti:
- Mappatura dei genomi
- Strategie di sequenziamento di un genoma e tecniche di “Next Generation Sequencing (NGS)"
- Assemblaggio ed annotazione del genoma
- "Whole genome and exome sequencing"
- "Variant calling"
- Studio dei più rilevanti progetti genomici conclusi e in corso
- Analisi del trascrittoma: metodologie “single gene” e “high-throughput” a confronto. Real time PCR e digital PCR; Microarray e RNA-sequencing
- Analisi dei profili di espressione di non coding RNA
- “Genome-wide association study” (GWAS) ed altri approcci genomici per applicazioni in ambito biomedico e ambientale
- Epigenomica
- Analisi di "case study” tratti dalla letteratura

Programma esteso

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Bibliografia

“Genomi (IV edizione)”. Brown T.A. EdiSES

“Fondamenti di bioinformatica”. Citterich M.H. et al. Zanichelli

"Genetica molecolare umana". Strachan T. et al. Zanichelli

“Genetica & genomica nelle scienze mediche”. Strachan T. et al. Zanichelli

Materiale addizionale fornito dal docente: slide e articoli scientifici di approfondimento

Metodi didattici

Il corso è organizzato in lezioni frontali e seminari di approfondimento, ma prevede diversi momenti interattivi con gli studenti (discussioni di “case study” della letteratura ed analisi di dati genomici).

Modalità verifica apprendimento

La valutazione dei risultati di apprendimento si basa su una prova orale che prevede la preparazione di una presentazione con slide da parte dello studente su un argomento concordato con il docente. Questo tipo di esame permetterà di valutare non solo le conoscenze acquisite dallo studente durante il corso, ma la capacità di applicare tali conoscenze alla risoluzione di problemi di tipo sperimentale.
Conoscenze, applicazione delle conoscenze, autonomia di giudizio, capacità di apprendimento e abilità comunicative sono quindi verificate durante la discussione della presentazione e nella risposta alle domande.

Altre informazioni

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