Obiettivi formativi
Al termine del corso lo studente acquisisce le nozioni relative allo studio dei microbiomi, incluse le tecniche di sequenziamento di nuova generazione e l’analisi bioinformatica e biostatistica, e al ruolo dei microbiomi nei sistemi alimentari, inclusa la relazione con la qualità degli alimenti e la valutazione del rischio.
Contenuti dell'insegnamento
1. Introduzione generale allo studio dei microbiomi: microbiomi e metagenomi (definizioni, importanza e applicazioni), principali aspetti tecnici della valutazione mediante sequenziamento di nuova generazione
2. Sequenziamento di nuova generazione: sequenziamento dell’amplicone del gene 16S rRNA, metagenomica shotgun e altre tecniche omiche, fasi operative (campionamento, estrazione del DNA da diverse matrici (ad es. suolo, aria, acqua e campioni biologici), preparazione delle librerie, sequenziamento)
3. Analisi bioinformatica e biostatistica: demultiplexing, filtraggio di qualità, binning in OTUs/ASVs, diversità alfa e beta, read mapping, ricostruzione dei contig, assegnazione tassonomica/funzionale (Greengenes/SILVA, KEGG, etc.), statistica multivariata e network microbici
4. Microbiomi nei sistemi alimentari: microbiomi degli attori del sistema alimentare, circolazione dei microbiomi nei sistemi alimentari e significato per la qualità e la sicurezza degli alimenti, microbiomi e valutazione del rischio negli alimenti e nella produzione alimentare, modulazione dei microbiomi dei sistemi alimentari per un’alimentazione migliore
Bibliografia
Appunti e pubblicazioni scientifiche
Metodi didattici
Lezioni frontali supportate da slide
Modalità verifica apprendimento
Le conoscenze teoriche saranno verificate mediante esame orale
Altre informazioni
https://www.unibo.it/sitoweb/silvia.turroni/
