IMAGEJ E I SUOI PLUGIN
cod. 1011780

Anno accademico 2023/24
2° anno di corso - Secondo semestre
Docente
Simonetta CROCI
Settore scientifico disciplinare
Fisica applicata (a beni culturali, ambientali, biologia e medicina) (FIS/07)
Ambito
A scelta dello studente
Tipologia attività formativa
A scelta dello studente
21 ore
di attività frontali
3 crediti
sede:
insegnamento
in ITALIANO

Obiettivi formativi

Gli obiettivi formativi del corso mirano a fornire agli studenti una solida base di competenze pratiche nell'utilizzo di ImageJ per l'elaborazione e l'analisi delle immagini acquisite con diverse tecniche di microscopia attraverso l'utilizzo di plugin e possono essere così elencati:

- Imparare a installare correttamente ImageJ sul proprio computer e configurare le impostazioni iniziali.

- Ottenere una conoscenza approfondita della struttura interna di ImageJ e delle sue funzionalità principali.

- Familiarizzare con l'interfaccia utente di ImageJ e individuare le funzioni di maggior utilizzo, comprese quelle collocate nella barra dei menu.

- Apprendere come ImageJ gestisce immagini a colori e in scala di grigi, nonché la gestione di immagini complesse come Z Stack, immagini multicanale e nel tempo.

- Imparare a utilizzare filtri spaziali lineari e non lineari, operazioni matematiche, operazioni puntiformi e trasformazioni geometriche per processare le immagini in ImageJ.

- Acquisire competenze per analizzare le immagini in ImageJ, comprese la calibrazione spaziale, le misurazioni manuali, la definizione delle soglie, il conteggio e le misurazioni automatiche, l'analisi di intensità e colore, nonché la visualizzazione ed esportazione dei risultati.

- Acquisire conoscenze sul concetto di plugin, inclusa la sua definizione, l'installazione, la configurazione e l'uso di plugin specifici per estendere le funzionalità di ImageJ.

Prerequisiti

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Contenuti dell'insegnamento

Il corso si concentra sull'utilizzo di ImageJ, coprendo diversi aspetti. Inizia con l'installazione e la configurazione del software sul proprio computer. Vengono esaminate la struttura logica e funzionale di ImageJ, nonché le funzioni chiave dell'interfaccia utente. Si descrivono le tipologie di immagini supportate e si affronta la gestione delle immagini complesse, come Z Stack e immagini multicanale. Sono forniti esempi pratici per migliorare le immagini acquisite con diverse tecniche di microscopia. Vengono presentati filtri spaziali, operazioni matematiche, operazioni puntiformi e trasformazioni geometriche. L'analisi delle immagini include la calibrazione spaziale, le misurazioni manuali, la definizione delle soglie, il conteggio di strutture come cellule e nuclei, e le misurazioni automatiche di diverse grandezze. Si spiega anche il concetto di plugin, con istruzioni per l'installazione, la configurazione e l'uso dei plugin più comuni.

Programma esteso

Come installare e configurare IMAGEJ sul proprio computer. Panoramica sulla struttura logica e funzionale di IMAGEJ . Interfaccia utente: dove sono collocate le funzioni di maggior utilizzo.
Tipologie di immagini gestite da IMAGEJ ; I formati grafici supportati direttamente da IMAGEJ
La gestione interna delle immagini complesse (Z Stack)
Migliorare una immagine: regolazione luminosità e contrasto, tabelle falsi colore,
modifica della profondità dinamica (livelli di grigio), curve di distribuzione
predefinite.
Processare una immagine: Filtri spaziali lineari e non, operazioni matematiche,
operazioni puntiformi, trasformazioni geometriche (rotazione, scalatura, prospettiva)
:Analizzare una immagine :
• calibrazione spaziale
• Misurazioni manuali
• Selezione dei parametri da rilevare
• Definizione della soglia – metodi e principi
• Conta e misura automatica
• Analisi di intensità
• Analisi di colore
• Visualizzazione ed esportazione dei risultati
Cos’è una macro?
Cosa è un Plugin?
come si installa e configura
come si usa ( con esempi di quelli di maggior utilizzo)

Bibliografia

Slide e appunti delle lezionic

Metodi didattici

Le lezioni si svolgeranno in presenza, nel rispetto degli standard di sicurezza. Il materiale didattico sarà depositato sulla specifica piattaforma ad accesso riservato agli studenti (Elly) e comprenderà presentazioni iconografiche, audio-video di supporto o videoregistrazione delle lezioni.
Durante verranno illustrati e commentati gli argomenti contenuti nel programma del modulo con esempi utilizzando ImageJ su immagini. Su base volontaria gli studenti potranno eseguire le medesime analisi presentate con il proprio computer durante le lezioni.

Modalità verifica apprendimento

L'accertamento del raggiungimento degli obiettivi previsti dal modulo prevede una prova scritta di 30 min in cui si chiederà di rispondere ad una serie di quesiti a risposta chiusa.
Il voto finale sarà comunicato successivamente alla prova scritta direttamente in Esse3.
Gli Studenti con DSA/BSE devono preventivamente contattare Le Eli-che: supporto per studenti con disabilità, D.S.A., B.E.S. (https://sea.unipr.it/it/servizi/le-eli-che-supporto-studenti-con-disabilita-dsa-bes).

Altre informazioni

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