Obiettivi formativi
CONOSCIENZA E COMPRENSIONE.
Il corso si propone di far apprendere allo studente le basi solide e approfondite conoscenze sull'organizzazione dei genomi e sui meccanismi e la regolazione dell'espressione genica negli organismi eucariotici, con enfasi sui ruoli emergenti dell'epigenetica e degli RNA non codificante (ncRNA) nella regolazione genica.
CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE.
Attraverso l'analisi guidata di esperimenti cruciali nella comprensione a livello molecolare di alcuni aspetti della regolazione genica eucariotica, gli studenti acquisiranno le competenze di base necessarie per affrontare lo studio sperimentale di nuove vie di regolazione dell'espressione genica e dei meccanismi molecolari coinvolti, e per l'identificazione e caratterizzazione di ncRNA di regolazione.
AUTONOMIA DI GIUDIZIO.
Alla fine del corso lo studente possiederà gli strumenti fondamentali per l'analisi dei risultati ottenuti dagli studi sperimentali con i quali arrivare alla comprensione della struttura ed espressione di un genoma.
Prerequisiti
Buona conoscenza della struttura degli acidi nucleici e dei meccanismi di base della duplicazione, trascrizione, riparazione e ricombinazione del DNA.
Contenuti dell'insegnamento
Genomi eucariotici. Sequenze uniche, sequenze ripetute e contenuto informativo dei genomi eucariotici. Frazione di geni espressi in un singolo tipo cellulare. Anatomia molecolare di un gene eucariotico: conservazione degli esoni e della loro organizzazione strutturale ed elevata variabilita intronica; Evoluzione dei genomi e possibili significati funzionali. Ripetizione in tandem dei geni per gli rRNA. Sequenze altamente ripetute e DNA satellite: evoluzione del DNA satellite mediata da eventi di crossing-over disuguale; minisatelliti e mappaggio genetico. Retrovirus, retroposoni e sequenze ripetute intersperse: struttura, ciclo vitale e mobilizzazione dei retrovirus; retrotrasposoni, sequenze SINES, LINES e pseudogeni processati. Mappatura dei genomi.
Cromatina e trascrizione. Cromatina, cromosomi e attivazione genica: ii problema della compattazione genomica; ii nucleosoma come subunita fondamentale della .cromatina; organizzazione e assemblaggio dell'ottamero istonico; phasing nucleosomico, siti ipersensibili; modificazioni istoniche; strutture di ordine superiore della cromatina; centromeri, telomeri e struttura dei cromosomi. Trascrizione eucariotica. RNA polimerasi eucariotiche; Promotori eucariotici; Apparati trascrizionali dipendenti da RNA polimerasi I e Ill; Apparato di trascrizione basale RNA polimerasi II dipendente; Meccanismi di controllo della trascrizione eucariotica. Sequenze regolatrici "in cis"; fattori di regolazione "in trans"; legame al DNA e attivazione trascrizionale; I diversi motivi strutturali proteici coinvolti nel legame del DNA e nella attivazione trascrizionale. Meccanismi di regolazione della trascrizione mediante "enhancers", "silencers", "insulators"; struttura della cromatina e suoi effetti sulla trascrizione; codice istonico; organizzazione strutturale e funzionale dell' eucromatina e dell' eterocromatina; modificatori covalenti e non covalenti della cromatina; imprinting genomico.
RNA ad azione regolativa. siRNA e RNAi. miRNA, ncRNA e regolazione genica. Long noncoding RNAs. Maturazione dell'RNA. Regolazione dei meccanismi di processamento degli RNA. Splicing alternativo; Editing dei trascritti primari. Coordinazione degli eventi di processamento dell'RNA. Sistemi di controllo della stabilita del mRNA.
Traduzione negli eucarioti: meccanismi e regolazione.
Meccanismi di regolazione genica supramolecolare: organizzazione nucleare e citoplasmatica mediata da "cambiamenti di fase".
Programma esteso
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Bibliografia
Testi di riferimento:
LODISH et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DELLA CELLULA, Zanichelli (2022).
4a edizione italiana condotta sulla 9a edizione americana.
Altri testi:
WATSON et al. - BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Ottava edizione, Zanichelli 2022.
Zlatanova, BIOLOGIA MOLECOLARE DELLA CELLULA 2018 Zanichelli.
MASSIMO ROMANI - EPIGENETICA, Zanichelli 2021.
AMALDI et al. - BIOLOGIA MOLECOLARE, terza edizione, CEA 2018.
Testo in lingua inglese:
LODISH et al., MOLECULAR CELL BIOLOGY, 9th edition, W.H. Freeman &
C. publishers, 2021.
Metodi didattici
II corso è composto da lezioni sui principali argomenti previsti dal programma, e da approfondimenti mirati di argomenti di particolare attualita e interesse, anche con l'ausilio di articoli originali in lingua inglese e di ricercatori specialisti.
Modalità verifica apprendimento
La valutazione dei risultati di apprendimento attesi si basa su una prova prova orale. Verranno accertate sia le conoscenze a livello molecolare relative ai meccanismi di espressione e regolazione genica illustrati durante ii corso, sia la capacita di applicare tali conoscenze alla risoluzione di problemi di tipo sperimentale.
Altre informazioni
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