Obiettivi formativi
Il corso ha una impostazione pratica, per rendere gli studenti padroni delle tecniche e delle metodologie avanzate nel campo della biofisica, in particolare per la determinazione, predizione e analisi di struttura e dinamica di sistemi proteici.
Prerequisiti
Conoscenza di base della struttura delle macromolecole biologiche.
Contenuti dell'insegnamento
Ricerca in banche dati biologiche. Analisi di sequenze proteiche e nucleotidiche e metodi di allineamento. Predizione della struttura secondaria e profili delle proprietà fisico-chimiche delle proteine.
Struttura terziaria e quaternaria delle proteine e relazione struttura-attività biologica.
Metodi sperimentali per la determinazione della struttura tridimensionale delle proteine (NMR, diffrattometria X, microscopia a forza atomica). Tecniche spettroscopiche per lo studio della struttura e della funzione proteica (fluorescenza, dicroismo circolare, spettroscopia infrarossa).
Metodi computazionali per la predizione della struttura tridimensionale delle proteine; modellizzazione proteica comparativa.
Analisi di strutture proteiche tramite software di grafica molecolare.
Meccanica molecolare e force fields. Minimizzazione dell'energia. Simulazioni di dinamica molecolare. Simulazioni di interazioni molecolari: docking e drug design.
Programma esteso
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Bibliografia
A.M. Lesk, "Introduzione alla Bioinformatica", McGraw-Hill Ed.
G. Valle, M. Helmer Citterich, M. Attimonelli, G. Pesole, "Introduzione alla Bioinformatica", Zanichelli Ed.
D.E. Krane, M.L. Raymer, "Fondamenti di Bioinformatica", Pearson Education Ed.
C.R. Cantor and P.R. Schimmel, "Biophysical chemistry - part II: techniques for the study of biological structure and function", W.H. Freeman and Company, San Francisco.
Dal docente verranno forniti gli appunti delle lezioni ed articoli di rassegna.
Metodi didattici
Lezioni orali e esercitazioni in laboratorio.
Modalità verifica apprendimento
Discussione delle relazioni riguardanti le esercitazioni. svolte in laboratorio ed esame orale.
Altre informazioni
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