ABILITA' INFORMATICHE E BIOINFORMATICHE
cod. 1004679

Anno accademico 2022/23
3° anno di corso - Secondo semestre
Docente
- Giulia MORI
Settore scientifico disciplinare
Biologia molecolare (BIO/11)
Field
Attività formative affini o integrative
Tipologia attività formativa
Affine/Integrativa
60 ore
di attività frontali
6 crediti
sede: PARMA
insegnamento
in ITALIANO

Obiettivi formativi

Al termine dell’attività formativa lo studente dovrebbe aver acquisito conoscenze teoriche e pratiche di base relative alla gestione di file, all’elaborazione di testi, fogli di calcolo e presentazioni multimediali, all’interrogazione di database biologici, e all’utilizzo di programmi per l’analisi bioinformatica.
In particolare, lo studente dovrebbe aver maturato:
D1. Conoscenze e capacità di comprendere. Il corso è soprattutto finalizzato all’acquisizione di competenze pratiche nell’uso del computer in ambito biologico. Saranno impartiti concetti teorici di base necessari per la comprensione delle applicazioni informatiche e bioinformatiche.
D2. Capacità di applicare conoscenze. Attraverso esercitazioni pratiche sotto la guida del docente, gli studenti avranno la possibilità di acquisire abilità pratiche sull’utilizzo di programmi di “produttività individuale” e sull’utilizzo dei più importanti programmi di bioinformatica.
D3. Autonomia di giudizio. Le nozioni teoriche e le attività pratiche permetteranno agli studenti di utilizzare criticamente i dati della letteratura scientifica, comprendere le metodologie computazionali e sperimentali che permettono la risoluzione ottimale di un problema biologico, e interpretare correttamente i risultati sperimentali.
D4. Capacità comunicative. Attraverso esempi, verrà illustrato agli studenti come riportare i risultati di analisi al computer in un elaborato scritto costituito da testo e immagini e come organizzare gli stessi risultati in una presentazione multimediale.
D5. Capacità di apprendimento. Il corso ha come obiettivo quello di aiutare gli studenti a consultare autonomamente la letteratura scientifica e le banche dati, e a diventare autodidatti nell'utilizzo di software. Sarà stimolata la discussione critica e la partecipazione interattiva al fine di acquisire una metodologia di studio che consenta la prosecuzione della formazione universitaria, ovvero il raggiungimento delle competenze richieste per l'inserimento in attività professionali al termine del percorso triennale.

Prerequisiti

Conoscenze di base di biochimica e biologia molecolare. Rudimenti di utilizzo del calcolatore.

Contenuti dell'insegnamento

Il corso si compone di due parti. Nella prima parte verranno impartiti concetti di base sull’uso del computer e gestione dei file, e nozioni pratiche sull'utilizzo di sistemi operativi con interfaccia grafica. Verranno inoltre effettuate esercitazioni su applicazioni per elaborazione testi, utilizzo fogli di elettronici, preparazione di presentazioni multimediali. Nella seconda parte verranno introdotti significato e ambiti della bioinformatica e verranno discusse le analisi delle sequenze e strutture di DNA e proteine. Gli studenti saranno resi famigliari con le principali banche dati di macromolecole biologiche e saranno illustrate le più comuni tecniche di analisi bioinformatica.

Programma esteso

Abilità informatiche
Concetti di base: significato e ambiti dell'informatica.
Uso del computer e gestione dei file: nozioni pratiche dell'utilizzo di sistemi operativi con interfaccia grafica.
Applicazioni di uso generale: nozioni pratiche di elaborazione testi, utilizzo fogli di calcolo, preparazione di presentazioni multimediali.
Reti informatiche: nozioni pratiche di utilizzo del World Wide Web.

Abilità bioinformatiche
Introduzione alla bioinformatica: significato e ambiti della bioinformatica. Oggetti della bioinformatica: sequenze di DNA e proteine, strutture di DNA e proteine. Evoluzione nel tempo dell'informazione biologica.
Banche dati di sequenze biologiche: definizione e scopo delle banche dati; principali banche dati di DNA (GenBank, DDBJ, EMBL) e di proteine (UniProt). Interrogazione e consultazione delle banche dati. Sintassi del formato FASTA per le sequenze.
Confronto di sequenze: significato e scopi dell'allineamento di sequenze; allineamento a coppie. Algoritmi locali e globali di allineamento. Calcolo del punteggio dell’allineamento. Penalità per l'inserimento gap e per allungamento gap. Matrici di sostituzioni amminoacidiche.
Ricerca di omologia: significato dell'omologia. Misure della significatività dell'allineamento. Programmi per la ricerca di omologia in banca dati. Uso del programma Blast e lettura del risultato della ricerca di omologia.
Allineamento multiplo e filogenesi: utilizzi dell'allineamento multiplo. Costruzione dell'allineamento multiplo con il programma ClustalX. Visualizzazione dell'allineamento multiplo con il programma GeneDoc. Descrittori dell’allineamento multiplo: consensi, pattern, profili.
Ricostruzione filogenetica con l'algoritmo di neighbor-joining implementato in ClustalX. Visualizzazione di alberi filogenetici con il programma FigTree.
Predizione delle caratteristiche biochimiche delle proteine: caratteristiche chimico-fisiche, funzionali e strutturali. Predizione delle caratteristiche chimico-fisiche delle proteine con il programma ProtParam. Predizione della localizzazione cellulare delle proteine con i programmi PSort e SignalP. Predizione della struttura delle proteine attraverso “homology modeling” o predizione de novo con AlphaFold.

Bibliografia

FONDAMENTI DI BIOINFORMATICA
Manuela Helmer Citterich, Fabrizio Ferrè, Giulio Graziano Pesole, Chiara Romualdi, Ed. Zanichelli

Metodi didattici

Le lezioni di abilità informatiche saranno svolte soprattutto attraverso esercitazioni pratiche che prevedono l’utilizzo del computer da parte degli studenti. Verrà illustrato il funzionamento delle principali applicazioni per la produttività individuale: elaborazione di testi, fogli elettronici e presentazioni multimediali. Una parte delle lezioni riguardanti le abilità bioinformatiche verterà su argomenti teorici attraverso una trattazione dei concetti di base della materia. Le lezioni teoriche saranno alternate ad esercitazioni rivolte all’utilizzo pratico delle più comuni applicazioni bioinformatiche. Durante queste lezioni gli studenti saranno addestrati a ricercare informazioni biologiche in banca dati e a risolvere i più comuni problemi di analisi di sequenza. Durante le esercitazioni pratiche gli studenti avranno modo di seguire passo passo l’utilizzo del computer da parte del docente e di replicare operazioni e comandi sulla propria postazione individuale.

Modalità verifica apprendimento

Per verificare le competenze generali di informatica gli studenti dovranno svolgere in modo autonomo e presentare al docente un elaborato costituito da una relazione scientifica comprendente testo e figure, una tabella di calcolo, e una breve presentazione multimediale.
Le abilità bioinformatiche saranno verificate attraverso una prova individuale al computer che prevede la soluzione di 5 problemi biologici attraverso applicazioni bioinformatiche e di 4 test teorici (1 ora). La comprensione dei concetti di base di bioinformatica sarà verificata attraverso un breve colloquio orale, nel quale verranno valutati, mediante domande teoriche e/o semplici esercizi in numero da 3 a 8: la comprensione degli aspetti teorici, la comprensione delle analisi svolte, la correttezza e la chiarezza nell'esposizione dei risultati e nella loro interpretazione. Il voto finale viene espresso in trentesimi.

Altre informazioni

Il corso si avvale di un’aula per le esercitazioni pratiche attrezzata con 128 postazioni di calcolo collegate ad Internet e dotate dei programmi informatici e bioinformatici discussi durante il corso. Durante le lezioni saranno utilizzati solamente applicazioni e programmi di pubblico dominio.