Obiettivi formativi
CONOSCENZA E COMPRENSIONE.
Gli studenti potranno acquisire una conoscenza dei metodi per l’analisi di sequenze biologiche e per la ricerca in database di sequenze e di domini, ed una buona familiarità con i database pubblici e i programmi di analisi e visualizzazione.
CAPACITA' DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE.
Attraverso le esercitazioni guidate, gli studenti acquisiranno le competenze di base necessarie per affrontare lo studio di nuove sequenze biologiche, ipotizzandone la funzione, la storia evolutiva, la struttura e la localizzazione.
Prerequisiti
Per una fruizione ottimale del corso, gli studenti dovranno avere solide conoscenze di base di Biochimica e Biologia Molecolare.
Contenuti dell'insegnamento
1. Informazioni biologiche e banche dati biologiche.
2. Allineamenti e misure di similarità. Allineamenti a coppie locali e globali. Matrici di sostituzione e punteggi di allineamento.
3. Metodi per la ricerca di sequenze in database.
4. Analisi di sequenze EST.
5. Progettazione di oligonucleotidi da utilizzare in PCR real time.
6. Allineamenti multipli di sequenze proteiche e il loro uso per l’inferenza funzionale e strutturale.
7. Creazione di pattern e profili da allineamenti multipli. Ricerca in database di profili, domini e motivi.
8. Predizioni biochimiche-strutturali di proteine. Predizione della localizzazione intracellulare. Profili di idrofobicità e topologia di proteine di membrana.
9. Evoluzione molecolare, filogenesi.
10. L’era della genomica: annotazione funzionale su scala genomica
11. Classificazione funzionale delle proteine: gene ontology, pathway, network
12. Interpretazione funzionale di dati derivanti da esperimenti condotti su larga scala (trascrittomica, proteomica, chemogenomica).
Programma esteso
1. Informazioni biologiche e banche dati biologiche.
2. Allineamenti a coppie locali e globali. Matrici di sostituzione e punteggi di allineamento.
3. Metodi per la ricerca di sequenze in database.
4. Analisi di sequenze EST.
5. Progettazione di oligonucleotidi da utilizzare in PCR real time.
6. Allineamenti multipli di sequenze proteiche e il loro uso per l’inferenza funzionale e strutturale.
7. Creazione di pattern e profili da allineamenti multipli. Ricerca in database di profili, domini e motivi.
8. Evoluzione molecolare, filogenesi.
9. Predizioni biochimiche-strutturali di proteine. Predizione della localizzazione intracellulare. Profili di idrofobicità e topologia di proteine di membrana.
9. Evoluzione molecolare, filogenesi.
10. L’era della genomica: annotazione funzionale su scala genomica
11. Classificazione funzionale delle proteine: gene ontology, pathway, network
12. Interpretazione funzionale di dati derivanti da esperimenti condotti su larga scala (trascrittomica, proteomica, chemogenomica)
Bibliografia
Testo di base:
“BIOINFORMATICA”, TRAMONTANO Anna, Ed. Zanichelli
Testo di supporto:
“INTRODUZIONE ALLA BIOINFORMATICA”, VALLE Giorgio-HELMER CITTERICH Manuela-ATTIMONELLI Marcella-PESOLE Graziano, Ed. Zanichelli
Metodi didattici
Il corso è organizzato in lezioni frontali volte a fornire una base teorica, affiancate da esercitazioni in aula informatica (postazioni individuali con 1 computer/studente) per l’apprendimento dell’uso dei principali programmi di analisi e visualizzazione dei risultati.
Modalità verifica apprendimento
La valutazione dei risultati di apprendimento si basa su un esame orale, che verrà condotto sotto forma di presentazione dei risultati ottenuti durante le esercitazioni, ed integrato con domande sulla parte teorica. Durante l’esame verranno valutati: la conoscenza della base teorica, la comprensione degli argomenti oggetto delle esercitazioni pratiche, la capacità di applicare le conoscenze e intepretare correttamente i risultati.
Altre informazioni
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Obiettivi agenda 2030 per lo sviluppo sostenibile
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