Obiettivi formativi
La grande quantità di informazioni che si sono generate dai progetti di sequenziamento di genomi e dai
progetti ad essi correlati hanno originato nuovi approcci di ricerca ed analisi dei dati. Dall'analisi
"verticale" del ruolo di uno o pochi geni, si passa all'approccio "orizzontale" dello studio simultaneo di
molti geni di un organismo in un certo momento biologico. Il Corso si propone di fornire gli strumenti per
la comprensione dei più innovativi approcci di analisi biologica del genoma e della sua funzione.
Contenuti dell'insegnamento
Genomica
Che cosa è un genoma - La mappatura con tecniche genetiche -La mappatura con tecniche fisiche -Il sequenziamento dei genomi- Principali progetti di sequenziamento di genomi eucariotici- Identificazione delle principali sequenze funzionali attraverso il processo di annotazione.
Marcatori Molecolari
Descrizione dei vari tipi di marcatori (RFLP, SSR, AFLP, SNP e altri)- Protocolli e problemi associati-
Casi di studio e esempi delle principali applicazioni dei marcatori molecolari: Produrre mappe genetiche - Identificazione varietale, fingerprinting individuale - Identificare e clonare geni responsabili di malattie - “marker-assisted selection” e “association mapping”- applicazioni forensi
Bibliografia
Brown TA, “Genomi” Edises (cap 1-9)
Greg Gibson and Spencer V. Muse,"Indroduzione alla Genomica" - Zanichelli (cap. 1,2,5)
Lewin B, et al. “ Il gene” Zanichelli ( cap. 4, 5, 23)
Approfondimenti
-Wang D.G, Fan J.B., Siao C.J., Berno A., Young P., Sapolsky R., Ghandour G., Perkins N., Winchester E., Spencer J., Kruglyak L., Stein L., Hsie L., Topaloglou T., Hubbell E., Robinson E., Mittmann M., Morris M.S., Shen N., Kilburn D., Rioux J., Nusbaum C., Rozen S., Hudson T.J., Lipshutz R., Chee M., Lander E.S. Large-scale identification, mapping, and genotypimg of single-nucleotide polymorphisms in the human genome. Science. 1998, 280: 1077-1082
-Rafalski A. Applications of single nucleotide polymorphisms in crop genetics. Current Opinion in Plant Biology. 2002, 5:94-100
-Morgante, M., and A.M. Olivieri. PCR-amplified microsatellites as markers in plant genetics. Plant J. 1993, 3:175-182.
-Hunt D.J., Parkes H.C., Lumley I.D. Identification of the Species of Origin of Raw and Cooked Meat Products Using Oligonucleotides Probes. Food Chem. 1997, 60: 437-442
-Gupta P.K., Roy J.K., Prasad M. Single nucleotide polymorphisms: a new paradigm for molecular marker technology and DNA polymorphism detection with emphasis on their use in plants. Curr.Sci. 2001, 80: 524-535
-Andersen J.R. and Lübberstedt T. Functional markers in plants. Trends in Plant Science. 2003, 8 (11): 554-560
